تعيين ساختار سه بعدي كمپلكس هاي پروتئيني يكي از مشكلات اساسي در صنايع بيوتكنولوژي و دارويي مي باشد. زيرا علي رغم پيشرفته هاي انجام شده، بيان چندين زير واحد بصورت همزمان بسيار سخت است. در اين اختراع يك روش سريع و ارزان ارائه شده است. در اين روش از اطلاعات تكاملي و توالي اسيد آمينه اي پروتئين استفاده مي شود. اولين مرحله اين فرايند شامل پيدا كردن الگو هاي ساختاري و نحوه توزيع دوميني مي باشد. سپس براي هر توالي پروتئين 10000 مدل ساخته مي شود و بهترين مدل انتخاب شده در طي شبيه سازي مولكولي از لحاظ انرژي بهينه مي شود. در نهايت نحوه تداخل زيرواحد ها با استفاده از روشهاي docking پروتئين – پروتئين بدست مي آيد. ساختار حاصل از اين فرايند در طراحي تركيبات مهاركننده تداخل پروتئين – پروتئين كاربرد دارد و همچنين مي توان با به دست آوردن ساختار سه بعدي كمپلكس هاي پروتئيني ، زيرواحد هاي حياتي را مهندسي كرد. با به دست آوردن ساختار پروتئين هاي دخيل در بيماريهاي مختلف مانند سرطان مي توان تركيبات دارويي جديدي را طراحي كرد.

در اين اختراع 4 پپتيد اختصاصي براي گيرنده ي LRP6 معرفي مي شود. اين گيرنده يكي از گيرنده هاي مرتبط با مسير Wnt مي باشد. به منظور طراحي پپتيدهاي مهاري بر عليه پروتئين مرتبط با گيرنده ليپوپروتئين با چگالي بالا (LRP6)، مطالعه‌اي محاسباتي انجام شد. با استفاده از اطلاعات واكاوي مجموعه DKK1_C/LRP6، اسيدآمينه‌هاي نقاط داغ، شبيه‌سازي ديناميك مولكولي، طراحي كتابخانه پپتيدي با برنامه‌ي RosettaDesign و داكينگ، چهارپپتيد با بالاترين تمايل اتصال براي بررسي آزمايشگاهي انتخاب شد. درصد محتواي مارپيچ آلفا و صفحه بتاي پيش‌بيني شده رايانه‌اي و طيف رنگ‌تابي دوراني پايداري ساختار دوم پپتيدها را تاييد كرد. ثابت تفكيك (KD) اين پپتيدها براي گيرنده ي LRP6 ، به‌ ترتيب براي پپتيد شماره 1 ،پپتيد شماره 2، پپتيد شماره 3 و پپتيد شماره 4 برابر ۷-۱۰×۴/۵، ۷-۱۰×۷/۴، ۷-۱۰×۲/۶ و ۷-۱۰×۵/۵ مولار مي باشد. ، پپتيدها در غلظت يك ميلي‌مولار پس از ۴۸ساعت منجر به كاهش تكثير سلولي در رده‌هاي سلولي HCT116 و SW480 به عنوان سلولهايي كه اين مسير در آنها فعال است، مي شوند در حالي‌كه، بر روي رده‌سلولي HUVEC به عنوان مثالي از سلولهاي غير سرطاني تاثيري ندارند. كاهش بيان β-كاتنين، سيكلينD1 و c-myc پس از تيمار با pep-2 و pep-4در رده‌هاي سلولي HCT116 و SW480 مشاهده شد. تيمار با پپتيدها، با ايجاد تاخير در چرخه سلولي ميزان سلول‌ها در مرحله G0/G1 را در دو رده‌سلولي سرطاني به طور متوسط ۱۰ تا ۲۰ افزايش داد يا تكثير سلولي را كاهش داد.